2014年12月，国家食药监管总局公布抽检信息，其中瓶（桶）装水等微生物污染问题仍较突出，近800种瓶（桶）装水被曝不合格，乐百氏、怡宝等品牌桶装水均上不合格榜。
2014年9月，在北京食品药品监督管理局公布的19种不合格产品中，“怡宝”、“娃哈哈”等8个品牌的18.9升桶装水均因检出菌落总数超标被通报，其中“怡宝”超标准值1000多倍。2015年6月， 内蒙古食药监局公布抽检信息，瓶（桶）装水样品不合格率达10.5%。
2015年5月，广西食药监局公布一季度抽检信息，抽检的289个批次的桶装饮用水中，共有30个批次不合格，不合格率为10.4%。
抽查发现，不合格项目主要为霉菌和酵母、菌落总数不合格，微生物污染问题十分突出。据介绍，菌落总数是指示性微生物，并非致病菌，主要用来评价食品清洁度。造成微生物指标不合格的主要原因有：
一是部分企业存在管理不严、包装容器和设备设施等清洗消毒不符合规定，生产条件不达标等情况；
二是部分经营企业未按照相关要求存放大桶水，存在产品露天堆放或日光下曝晒等问题；
三是有的大桶水包装盖密封不严，在运输、流通环节中可能导致微生物污染等。
北京市桶装饮用水销售行业协会调查数据显示，目前北京水站超过万家，其中正规水站仅占50%至60%。而北京日均消耗的桶装水约为65万桶，其中假水大约占总消耗量的1/6。“黑水厂”抽取井水经简单过滤灌装后，摇身一变成“知名品牌”桶装水，出厂价不足2元，消费者购买价格却达十余元。没有经过任何卫生检测，直接流向市场。业内人士称，目前桶装水市场价格混乱、真假掺杂，桶装水配送站资质不全，存储条件不达标，制售假水的水厂难以禁绝，且已成业内常态。
长久以来，回料桶都是一个人尽皆知的“秘密”。一个水桶正常情况下可循环使用40次左右，使用周期在2到3年。 不过很多厂家都是无限制重复使用，这会导致桶内污染物聚集，污染水质。同时，有些企业在回收中并不甄别，致使许多已严重污染的桶被回收入库。
桶的清洗也至关重要。一般来说，桶的清洗要经过22道工序，内壁18道，外壁4道，以保证最大程度消灭水中的细菌。但是，多数中小企业在桶的清洗上自律不严格，清洗不彻底、清洗程序不规范的情况十分常见。
水桶密封性也与桶装水质量安全息息相关。桶装水运输历经装车、卸货、水店存储、送货上门等过程，中途瓶盖有可能因颠簸和碰撞而松动漏气，极有可能受到空气污染，产生致病菌。
桶的材质也容易造成水质的污染。2003年以前，包装桶多采用PET或者PC材质。PET质地较软，容易附着可渗透的细菌、重金属等，且长期使用或者加热后会释放致癌物质，对人体消化、神经系统有不同程度的损害，无法满足循环利用要求；PC材质则耐热、易于清洗，可反复使用。而PET材料成本只有PC材料的一半。
在2003年后，国家出台强制性政策，要求桶装水生产厂家只能使用PC材质桶。但事实上，部分企业为了市场竞争，使用了PET材料替代PC材料，为桶装水质量埋下隐患。为了降低成本，一些不法企业甚至将诸如医用针头、光盘类的废弃垃圾经过粉碎处理后加入制桶原料。这类垃圾材料多半安全性较差，且含有毒有害物质，容易融入水中导致水体污染。
饮水机二次污染，是指日常生活中使用饮水机而忽略饮水机本身的清洁和消毒造成饮用水的污染。一般饮水机在出水时，要有空气进入水桶内形成负压，才能保证出水顺畅。空气进入饮水机中，便会将细菌带入，继而造成对人体健康的危害，这就是饮水机的“二次污染”。
饮水机如果长期不清洗，打开时就能看到内壁、出水口有一层淡土黄色的东西，用手一摸有黏滑感，这就是细菌生长繁殖时产生的污垢。广东省环境资源利用与保护重点实验室采样检测发现，在常温条件下，饮水机里的水第一天有害菌落数量为0，而在第10天却攀升到了8000。这证明桶装水受二次污染相当严重。
饮水机是利用空气压力原理工作的，取水的同时，等量的空气也进入饮水机中。即便是清洁环境中，空气中也有4000个/平方米的细菌，同时一氧化碳、烟雾毒物、飘尘及微生物，都会随空气带入饮水机中，从而污染原纯净水。水体中的微生物，如藻类病菌等，经过一段时间的繁殖，会达到危害人体健康的浓度，导致饮水机二次污染。一桶水喝的时间越长，细菌繁殖的数字就越惊人，从而对人体健康造成严重危害。
另外，饮水机通常是桶装水的桶颈倒过来后放在饮水机凸出的座上，然后由机内的软管将水导入两个水胆内，其中一个是热水胆，一个是冷水胆，这两个水胆除了起到出冷热水的功能外，还可起到沉淀水中杂质的作用。人们通常不断重复更换桶装水，却忽视了饮水机内胆还存有近1000毫升的水，这水中就会隐藏着致病细菌，久而久之便成了细菌滋生的温床。
此外，在饮水机中，水的加热是通过内置的热胆来完成的，正是这种内胆，让饮水机
久煮产生“千滚水”。饮用水在热胆内经反复加热后，会形成“千滚水”。这种水含有重金属、砷化物等有害物质，久饮会危害胃肠健康。